Bei den Mitgliedern im Vermittlungsausschuss handelt es sich um Abgeordnete des Deutschen Bundestages und um Mitglieder des Bundesrates, die zugleich Mitglieder einer Landesregierung sind. Bundestag und Bundesrat entsenden jeweils 16 ihrer Mitglieder in den Vermittlungsausschuss. Er umfasst damit insgesamt 32 Mitglieder.

Der Vermittlungsausschuss wählt je ein Mitglied des Bundestages und des Bundesrates zu seinen Vorsitzenden. Diese wechseln sich im Vorsitz vierteljährlich ab und vertreten einander.

Die Sitzungen des Vermittlungsausschusses sind nicht öffentlich. Für den Vermittlungsausschuss gilt der Grundsatz der Vertraulichkeit seiner Beratungen. Die Vertraulichkeit der Beratungen erstreckt sich auch auf die Sitzungsprotokolle des Vermittlungsausschusses. Regelmäßig zu Beginn einer neuen Wahlperiode beschließt der Vermittlungsausschuss die Freigabe der Sitzungsprotokolle aus der jeweils vorletzten Wahlperiode für die Öffentlichkeit.

Teilnehmen dürfen lediglich die Mitglieder oder, wenn diese verhindert sind, die stellvertretenden Mitglieder des Vermittlungsausschusses, Mitglieder der Bundesregierung (in der Regel je ein Vertreter pro Ministerium und Kanzleramt), der Geschäftsführer, die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Geschäftsstelle sowie zwei Personen des Stenografischen Dienstes. Anderen Personen kann die Teilnahme nur durch ausdrücklichen Beschluss des Ausschusses gewährt werden.

Bei sogenannten Zustimmungsgesetzen (also Gesetzen, für deren Zustandekommen nach der Verfassung die ausdrückliche Zustimmung des Bundesrates erforderlich ist) kann es bis zu drei Vermittlungsverfahren in einem Gesetzgebungsverfahren geben, da Bundesrat, Bundestag und Bundesregierung jeweils einmal pro Gesetzgebungsverfahren befugt sind, den Vermittlungsausschuss anzurufen.

Dagegen kann es bei sogenannten Einspruchsgesetzen (also Gesetzen, deren Zustandekommen nach dem Grundgesetz nicht die ausdrückliche Zustimmung des Bundesrates erfordert) lediglich ein Vermittlungsverfahren im gesamten Gesetzgebungsverfahren geben. Denn in diesen Fällen ist nur der Bundesrat anrufungsberechtigt.

Der Vermittlungsausschuss hat keinen im Vorhinein festgelegten Sitzungskalender. Er tritt erst dann auf Einladung des Vorsitzenden zusammen, wenn ein oder mehrere Gesetzesbeschlüsse des Bundestages in den Vermittlungsausschuss überwiesen wurden. Das setzt dessen Anrufung zu einem Gesetz durch den Bundesrat, den Bundestag oder die Bundesregierung voraus.

Der Vermittlungsausschuss fasst seine Beschlüsse mit einfacher Mehrheit. Danach ist ein Beschluss gefasst, wenn bei einer Abstimmung die Zahl der "Ja"-Stimmen die Zahl der "Nein"-Stimmen überwiegt. Enthaltungen bleiben unberücksichtigt und wirken sich daher auf das Abstimmungsergebnis nicht aus. Bei gleicher Anzahl von "Ja"- und "Nein"-Stimmen ist ein zur Abstimmung gestellter Antrag abgelehnt.

Abgestimmt wird durch einfaches Handaufheben.

Der Vermittlungsausschuss hat seit der 9. Wahlperiode des Deutschen Bundestages regelmäßig in einer neuen Wahlperiode beschlossen, dass die Protokolle seiner Sitzungen der jeweils vorletzten Wahlperiode zur Einsichtnahme ohne Auflagen freigegeben werden. Die Möglichkeit zur Einsichtnahme besteht in den Archiven des Deutschen Bundestages und des Bundesrates sowie über die Geschäftsstelle des Vermittlungsausschusses.

Darüber hinaus sind die Niederschriften über die Sitzungen des Vermittlungsausschusses - soweit sie vom Ausschuss zur allgemeinen Einsichtnahme freigegeben worden sind - für die erste bis 14. Wahlperiode als Mikrofiche-Edition "Protokolle des Vermittlungsausschusses des Deutschen Bundestages und des Bundesrates" in den Verlagen C.H. Beck und K.G. Saur, München, sowie für die 13. bis 15. Wahlperiode des Deutschen Bundestages in digitaler Form als DVD-Edition "Protokolle des Vermittlungsausschusses des Deutschen Bundestages und des Bundesrates" im Verlag C.H. Beck, München, herausgegeben worden und in größeren wissenschaftlichen Bibliotheken verfügbar.